Facturación electrónica para consultorios en Colombia: lo mínimo que debes saber
Quién debe facturar electrónicamente en un consultorio, qué excepciones existen para personas naturales y qué pasa cuando atiendes a pacientes de una EPS. Lo mínimo para hablar con tu contador.
Un paciente te pide factura, tu contador pregunta si ya estás habilitado y tú no tienes claro si la facturación electrónica de un consultorio es un deber, una opción o algo que les toca a otros. La respuesta depende de tres datos: cómo estás inscrito ante la DIAN, qué servicios prestas y quién te paga. Esta guía ordena lo mínimo que debes saber para hacerle las preguntas correctas a tu contador.
La regla general y sus excepciones
La Resolución 165 de 2023 de la DIAN, del 1 de noviembre de 2023, reglamenta el sistema de facturación electrónica en Colombia (la Resolución 227 de 2025, que compila las normas tributarias de la DIAN, la recoge con otra numeración; aquí usamos la original). Su artículo 7 lista quiénes deben expedir factura. Entre ellos están los responsables de IVA, los inscritos en el régimen SIMPLE y "todas las personas o entidades que tengan la calidad de comerciantes, ejerzan profesiones liberales o presten servicios inherentes a estas", sean o no contribuyentes.
El artículo 8 trae a quienes no están obligados. Para un consultorio importan dos casos de personas naturales:
- Las que son no responsables de IVA y cumplen todas las condiciones del artículo 437 del Estatuto Tributario (parágrafos 3 y 5).
- Las que solo prestan servicios no gravados con IVA y tuvieron ingresos brutos inferiores a 3.500 UVT, en el año anterior o en el año en curso. No cuentan para ese tope los ingresos laborales, las pensiones ni la ganancia ocasional.
Los servicios médicos, odontológicos, hospitalarios, clínicos y de laboratorio para la salud humana están excluidos de IVA (artículo 476, numeral 1, del Estatuto Tributario). Por eso muchos profesionales independientes caen en el segundo caso. Con la UVT de 2026 en $52.374 (Resolución 238 de 2025 de la DIAN), 3.500 UVT equivalen a $183.309.000.
Cumplir todas las condiciones de una excepción te exime de facturar. Que tus servicios estén excluidos de IVA, por sí solo, no.
Y si estás exento, puedes facturar de todos modos. El parágrafo 1 del artículo 8 dice que quien opta por facturar queda obligado a hacerlo para efectos tributarios.
Dónde se complica: la ley de salud
El artículo 15 de la Ley 1966 de 2019 obliga a todos los prestadores de servicios de salud a generar factura electrónica por el cobro de sus servicios. La DIAN, en el Oficio 24701 de 2019, respondió a un prestador de salud de primer nivel que se creía exento por no ser responsable de IVA: ese artículo no modificó el 616-1 del Estatuto Tributario y precisó la obligación de facturar que los prestadores ya tenían. El oficio separa ser contribuyente de un impuesto de tener el deber de facturar. No trata el caso de las personas naturales no responsables de IVA y es anterior a la reglamentación posterior, así que no lo tomes como la última palabra.
Hay más. La Resolución 948 de 2026 del Ministerio de Salud, que derogó la 2275 de 2023, aplica a las IPS y también a los profesionales independientes (artículo 2). Quien factura electrónicamente en salud debe reportar el RIPS de cada atención como soporte de la factura (artículo 8). El detalle lo tienes en RIPS en Colombia: qué son y cómo reportarlos en 2026.
Dos situaciones merecen cuidado extra:
- Cobras a un pagador (EPS, prepagada, SOAT, ARL). Ahí las reglas de factura en salud y RIPS te alcanzan.
- Tu consultorio es una sociedad. Las excepciones del artículo 8 que vimos son para personas naturales.
Si atiendes solo pacientes particulares y eres persona natural, la respuesta puede ser distinta. Aun así, no la des por sentada.
Facturación electrónica en tu consultorio: el camino mínimo si te toca
El procedimiento se llama habilitación y se hace en el servicio informático de la DIAN (artículo 28 de la Resolución 165). Según la guía de la DIAN para su facturación gratuita, los pasos son:
- Tener el RUT al día y un certificado de firma digital. La DIAN lo entrega sin costo si usas su software gratuito.
- Registrarte como facturador en el portal "Habilitación".
- Superar el set de pruebas: dos facturas, una nota crédito y una nota débito.
- Fijar la fecha de inicio de operación. Con ella queda en tu RUT la responsabilidad 52, de facturador electrónico.
- Pedir en MUISCA la autorización de numeración para factura electrónica y para contingencia.
El servicio gratuito de la DIAN, descrito en el artículo 38 de la Resolución 165, no limita la cantidad de documentos ni los montos, y está dirigido a quienes están obligados a facturar. Si prefieres el software de un proveedor tecnológico, la DIAN indica que el proceso del set de pruebas es distinto y recomienda apoyo técnico; confirma con tu proveedor quién hace qué.
El documento soporte: cuando el que compra eres tú
Aquí la obligación cambia de lado. Si le compras un servicio a alguien que no está obligado a facturar, por ejemplo una persona natural que te hace un arreglo, quien compra y necesita soportar costos, deducciones o IVA descontable expide un documento soporte (artículo 771-2 del Estatuto Tributario). Sus requisitos están en la Resolución 167 de 2021: los compradores que son facturadores electrónicos lo generan de forma electrónica y los demás, de forma física. Sin ese soporte, el gasto puede no ser aceptado como costo o deducción; pregunta a tu contador cómo aplica a cada compra.
Qué pedirle al software de facturación
Con el trámite hecho, el problema pasa a ser el día a día. Pregunta:
- Si genera la factura, la envía a la DIAN para validación y permite notas crédito y débito.
- Si cada factura se puede rastrear hasta el cobro del día. Eso es lo que revisas en Cierre de caja clínica: el método diario que no falla.
- Si, cuando cobras a pagadores, genera el RIPS que exige la factura en salud.
- Cómo exportas tus facturas si cambias de proveedor.
En SANEO, según el plan, hay facturación electrónica junto con agenda, caja y reportes; lo ves en la página de producto. Para comparar opciones con criterio, sirve Doce preguntas que hacerle a un software clínico antes de firmar.
Mañana, abre tu RUT y mira si aparece la responsabilidad 52. Luego suma tus ingresos brutos del año en curso y del anterior. Con esos dos datos, pregúntale a tu contador si cumples las condiciones del artículo 8 de la Resolución 165, si cobras a pagadores que exigen factura en salud y si necesitas documento soporte para tus compras. Esto es una explicación general, no asesoría legal/contable. Para tu caso, habla con un abogado/contador.
Preguntas frecuentes
Publicado el 2 de noviembre de 2026 por el Equipo SANEO. Fuentes: Resolución 165 de 2023 (DIAN); Resolución 167 de 2021 (DIAN); Resolución 238 de 2025 (DIAN); Resolución 227 de 2025 (DIAN, compilación); Estatuto Tributario, artículos 437, 476 y 771-2; Ley 1966 de 2019, artículo 15; Oficio DIAN 24701 de 2019; Resolución 948 de 2026 (Ministerio de Salud); guías de la DIAN sobre habilitación, facturación gratuita y documento soporte.